1652年沙皇阿列克谢·米哈伊洛维奇下令开始修复大教堂里的壁画。但修复工作刚一启动就不定期地停止了。与波兰和瑞典旷日持久的战争掏空了国库,而在莫斯科和全国肆虐的瘟疫夺去了许多画匠的生命。工程直到1666年才得以继续。新壁画保留了古代壁画的布局。大教堂南墙和北墙上的壁画描绘的是天使长米迦勒及其在人间创造的奇迹。拱门的一部分和西墙则是图解信经的壁画。